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Biosystema 31 (2018) : Introduction aux méthodes comparatives phylogénétiques

Sous la direction de Paul Zaharias & Malcolm T. Sanders

Le 25 octobre 2017, la Société française de systématique a organisé la première conférence française entièrement consacrées aux méthodes comparatives phylogénétiques (ou PCM en anglais). Ce terme désigne habituellement une approche analytique basée sur la comparaison de différents objets biologiques pour lesquels il est indispensable de prendre en compte la non-indépendance des organismes, c’est-à-dire le contexte phylogénétique. Derrière cette définition large se cachent plus de quarante ans de développement d’une discipline qui a bouleversé les pratiques en biologie de l’évolution. Si la littérature des PCM ne cesse de croître, en particulier depuis les années 2000, ces méthodes peuvent parfois paraître obscures aux non-spécialistes du domaine. Cette incompréhension peut être expliquée en partie par le fait que le langage même des PCM – issu principalement des statistiques – constitue un obstacle pour beaucoup de biologistes. Ce numéro de Biosystema fait le point sur ces méthodes.

Vous pouvez commander le nouveau biosystema ici (format papier: 20 euros).

 

https://materiologiques.com/304-thickbox_default/biosystema-312018-introduction-aux-methodes-comparatives-phylogenetiques.jpg

 

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La reconstruction phylogénétique Concepts et méthodes (Nouvelle édition revue et augmentée)

Sous la direction de Pierre Darlu & Pascal Tassy, avec la collaboration de Cyril d’Haese & René Zaragueta i Bagils

La nouvelle édition de Darlu et Tassy est en vente dès maintenant avec une remise “souscription” de 25 %, soit 22 €, frais de port inclus, valable jusqu’au 14 décembre 2018, au lieu de 29 €.

Le bon de souscription est disponible ici, la page web du livre est ici.

Présentation

Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l’histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l’histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu’à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.

Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l’évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.

Il s’adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l’état actuel de la question.

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Programme de la journée

 

En Octobre 2018, l’équipe pédagogique du Master « Systématique, évolution, paléontologie » (MNHN-SU) et la Société Française de Systématique organisent pour la première fois une journée dédiée aux « jeunes systématiciens ». Elle s’adresse à des chercheurs non-contractuels ayant au moins débuté leur thèse (étudiants en cours de thèse, chercheurs postdoctoraux, ATER, docteurs en recherche d’emploi, etc.), mais les étudiants de Master et les chercheurs en poste sont également encouragés à assister aux présentations.

Cette journée a pour objectif de valoriser les travaux de jeunes chercheurs en taxinomie, phylogénie et paléontologie dans un environnement favorable à l’échange et à la discussion. Deux chercheurs récemment recrutés feront part de leur expérience et initieront la première et deuxième partie de journée.

Cette journée est entièrement gratuite (mais l’inscription est obligatoire) et se déroulera le vendredi 12 octobre de 10h à 18h dans l’amphithéâtre de la Grande Galerie de l’Évolution (Jardin des Plantes, Paris).
La date limite de soumission est le Jeudi 20 Septembre 2018 et les présentations ne doivent pas excéder les 15 minutes.

 

Pour soumettre : https://fr-systematique.sciencesconf.org/user/submit

Pour s’inscrire : https://fr-systematique.sciencesconf.org/registration/index

 

L’assemblée générale annuelle de la SFS se tiendra durant la pause déjeuner. La journée se terminera par la remise du prix Jacques Lebbe récompensant chaque année le travail d’un Master 2 en Systématique. L’étudiant sélectionné sera invité à présenter brièvement son travail.

 

 

En espérant vous voir nombreux !

Paul Zaharias & Véronique Barriel

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Réimpression du livre épuisé Formaliser le vivant : lois, théories, modèles ? (Hermann, 2010, 388p.).

Présentation :

Peut-on formaliser le vivant ? Peut-on réduire une plante à une simple formule mathématique ? Goethe ne l’aurait pas admis. Pour beaucoup encore, cette question ne se pose même pas tant elle peut sembler provocante et contre-nature. Dans une perspective à la fois historique et épistémologique, ce livre rend compte de travaux contemporains qui ont pourtant tous tenté de braver cet interdit. C’est en grande partie sur ce terrain, hautement problématique, que, dans les premières décennies du XXe siècle, on voit naître puis s’épanouir la pratique des modèles mathématiques appliquée aux sciences végétales. On voit en particulier que ces pratiques nouvelles de modélisation entrent en concurrence avec une tradition ancienne de théorisation mathématique des formes du vivant. C’est même devant les limites des essais théoriques récurrents que le tournant formel des modèles se confirme et permet des avancées incontestables. À l’heure où toutes les sciences à objets complexes parlent beaucoup de modèles et moins de théories, est-ce le signe d’une victoire de la « modélisation » au détriment de la « théorie » ? Cette victoire est-elle définitive ? Cela a-t-il toujours un sens de les opposer ? Et qu’en est-il des « lois » ? En proposant une analyse des travaux mais aussi des positions épistémologiques de certains scientifiques impliqués, en explicitant le sens de ce qui les rapproche, de ce qui les distingue ou les oppose, cet ouvrage montre que l’émergence, l’expansion puis la diversification des pratiques de modélisation formelle du vivant ont contribué, sur le terrain scientifique lui-même, à bousculer les rapports épistémologiques traditionnels entre théories, lois et modèles tels qu’ils nous ont été légués par la physique.

Extrait de l’introduction générale :

Cet ouvrage met en lumière une des voies par lesquelles la science contemporaine est entrée dans l’ère des modèles. Par là, il propose de fournir quelques clés permettant d’expliquer comment ce qu’il faut appeler le tournant formel des modèles scientifiques a conduit, à partir du début du 20ème siècle, à une intense et permanente réorganisation des rapports épistémiques entre lois, théories et modèles.

Il est souvent affirmé que la pratique des modèles est aussi ancienne que la science et que l’époque contemporaine n’est nullement une exception à cet égard : le modèle ne serait ainsi au mieux qu’un essai, approché, de théorie. Ou bien il ne serait qu’une représentation analogique partielle et simplificatrice servant à la prédiction ou encore au calcul, comme les pratiques très anciennes des ingénieurs peuvent déjà en montrer l’exemple.

Pour éviter le nivellement historique sur cette question, et pour prendre la mesure de la tension épistémologique inédite puis réitérée que l’introduction puis l’essor des modèles formels ont historiquement occasionnée au 20ème siècle, il faut d’abord se mettre d’accord sur un caractère particulier de ce que l’on appelle aujourd’hui communément «modèles», au-delà de la diversité, incontestable, de leurs formes et de leurs usages : il s’agit essentiellement de modèles formels, qu’ils soient de nature mathématique, logique ou informatique. On le sait : le recours au terme de modèle pour désigner non plus seulement une maquette en format réduit mais tout type de construit formel servant à faciliter tantôt une représentation, un calcul, une expérimentation, voire la communication entre chercheurs, vient en grande partie de l’essor antérieur des modèles analogiques puis formels dans la physique de la fin du 19ème siècle.

Rappeler ce fait connu ne suffit pas : il est crucial de comprendre aussi qu’en devenant des construits formels, les modèles ont d’une part facilité leur diffusion dans l’ensemble des sciences. Mais ils ont d’autre part semblé brutalement adopter la même forme, voire le même langage que les lois ou que les théories. De cette apparente communauté de nature, il a résulté une concurrence inédite et intense entre ces différents moyens épistémiques de formalisation, en particulier dans les situations où ces moyens (lois, théories, modèles) étaient appliqués à des phénomènes particulièrement complexes, comme les phénomènes du vivant. En physique théorique, cette concurrence, qui a d’abord été l’objet de vives controverses, pourra en revanche être assez vite neutralisée : les fonctions des théories et des modèles pourront finalement y paraître complémentaires. À partir des années 1930, les querelles épistémologiques entre modélistes anglo-saxons et antimodélistes continentaux sembleront ainsi dépassées. L’émergence de la théorie mathématique des modèles servira notamment à confirmer théoriquement l’intérêt du recours aux modèles formels en physique. Mais, dans les domaines où les théories manquent ou sont contestées, le statut des modèles formels persiste à côtoyer dangereusement celui des lois ou des théories. C’est la raison pour laquelle, en particulier dans les sciences à phénomènes complexes, multifactoriels et enchevêtrés, le tournant formel des modèles du début du 20ème siècle a continué à occasionner durablement une réorganisation des rapports entre lois, théories et modèles. Ce fait historique a souvent été inaperçu ou sous-estimé.

 Sommaire

  • INTRODUCTION
  • I. DES LOIS AUX MODELES
  • II. RESISTANCE DES THEORIES AUX MODELES
  • III. NAISSANCE DES SIMULATIONS
  • IV. TOURNANT MATHEMATISTE DES THEORIES
  • V. EXTENSION ET DIVERSIFICATION DES MODELES
  • CONCLUSION

Disponibilité :
En librairie : https://www.placedeslibraires.fr/listeliv.php?mots_recherche=formaliser+le+vivant&base=allbooks
Via internet : https://www.decitre.fr/livre-pod/formaliser-le-vivant-9782705670894.html   ; https://www.priceminister.com/offer/buy/2804598789/formaliser-le-vivant-lois-theories-modeles-format-broche.html

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12 juin 2018 de 19h à 21h – Hélène Morlon – 

« Remonter dans le temps pour comprendre l’évolution de la biodiversité »

Hélène Morlon est directrice de recherche au CNRS, chef d’équipe à l’institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure.

Amphi Buffon, 15 rue Hélène Brion, 75013 Paris.
Métro/RER : Bibliothèque François Mitterrand. Bus : 62. 64. 89. 132. 325

Entrée libre (réservation par e-mail: centre_etudes_du_vivant@univ-paris-diderot.fr)

 

Pour écouter les rencontres précédentes : https://diderot-tv.univ-paris-diderot.fr/collections/les-battements-du-temps

Plus d’informations sur : http://centre-detudes-du-vivant.univ-paris-diderot.fr

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Le livre Philosophie, histoire, biologie. Mélanges offerts à Jean Gayon est un ouvrage co-dirigé par Francesca Merlin et Philippe Huneman (CNRS et Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne). Il s’agit d’un assemblage de textes réunis en la mémoire de Jean Gayon, décédé à la fin du mois derniers. Pas moins de 28 contributeurs ont apportés leur pierre à cette édifice.

Résumé de l’éditeur:

Le philosophe et historien des sciences Jean Gayon est une figure éminente de ces deux disciplines. Son champ d’étude privilégié : la biologie, plus particulièrement la biologie de l’évolution. Au cours des trois dernières décennies, il a formé de nombreux chercheurs, no­tamment en encadrant des thèses souvent novatrices, et lancé une multitude d’initiatives de recherche qui ont permis à la philosophie de la biologie de prendre un essor sans pareil en France, grâce à des liens privilégiés avec les figures marquantes du domaine, œuvrant à l’époque aux États-Unis et en Angleterre.

Les textes rassemblés ici rendent hommage à l’homme, à l’enseignant et au penseur qui a largement impulsé le renouveau de la philosophie de la biologie, par ses réflexions déterminantes sur la théorie de l’évolution, la génétique, le hasard, etc., objets et concepts repensés conjointement à la lumière de l’approche classique de l’« épistémologie historique » et de celle fondée sur la philosophie analytique. Collègues, élèves et amis, réunis lors de journées d’hommage en mars 2017 dont ce livre est issu, montrent à quel point Jean Gayon est un pilier essentiel de la nouvelle philosophie des sciences. Au fil de 26 chapitres, répartis en quatre parties (« Épistémologie historique et philosophe de la biologie », « Histoire de la génétique », « Études d’histoire et de philosophie de la biologie évolutive : thèmes de Jean Gayon », « Regards sur Jean Gayon, historien et philosophe, enseignant et chercheur »), ce livre témoigne de la présence et de la nécessaire postérité de l’œuvre de Jean Gayon. (https://materiologiques.com/sciences-philosophie-2275-9948/259-jean-gayon-philosophie-histoire-biologie-9782373611441.html)

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Philippe Lherminier a enseigné la génétique à l’École supérieure d’ingénieurs et de techniciens pour l’agriculture (Ésitpa) et a travaillé à l’amélioration des races domestiques. Il s’est ensuite consacré à l’étude de la notion d’espèce, un domaine où l’histoire et la philosophie des sciences tiennent une large place. Il est membre de la société française de systématique de longue date.

Résumé de l’éditeur: Le naturaliste ne cherche plus ce que sont les êtres vivants, mais s’ils ont des relations. Un individu seul, qui ne ressemble ni ne descend ni ne s’accouple à un autre soi-même, n’est d’aucune espèce, c’est donc un monstre – la Bête de l’Apocalypse est une confusion d’espèces. Dans les populations les ressemblances, la descendance et la fécondité sont les relations réelles donc les critères objectifs, universels et réfutables qui guident les pratiques des naturalistes. L’espèce est tout et partout : support de l’inventaire et de la classification des êtres vivants jusqu’aux virus, module du seul événement évolutif, la spéciation, véhicule des gènes isolés ou transférés qui vont et viennent de l’une à l’autre, maillon fort des systèmes écologiques. La révolution darwinienne a validé la variation adaptative, mais il ne faut pas oublier que la régularité et le maintien des espèces, sans lesquels aucun équilibre naturel durable n’est possible, posent autant de questions que leur évolution. La classification cladistique et les analyses moléculaires permises par l’outil informatique ont grandement rénové la détermination des espèces quoique sans bouleverser les concepts classiques ; à son tour la génétique de la fécondation modélise des échanges d’information subtile entre les conjoints voire au-delà. La création d’espèces est banale chez les plantes, à notre portée chez les animaux ; la génétique culturellement dirigée relance l’évolution des espèces, peut-être la nôtre ?

Lien: https://www.editions-ellipses.fr/product_info.php…

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Conférences de Marianne Sommer (Université de Lucerne)

 

Professeure invitée à l’EHESS par le Centre Alexandre-Koyré du 13 mai au 12 juin 2018

Marianne Sommer is full professor at the Dept. for Cultural and Science Studies at the University of Lucerne. Prior to her current position, she has been at the University of Zurich, ETH Zurich, the Max-Planck-Institute for the History of Science, Pennsylvania State University, and Stanford University among other institutions. She has published widely on the history of the life, earth, and human origins sciences with a focus on processes of narration, visualization, and exhibition. Her most recent monograph, History Within (Chicago University Press 2016), engages with the science, politics, and culture related to bones, organisms, and molecules; it traces the production, mediatization and circulation of paleoanthropological, evolutionary, and genetic knowledge about human history and kinship from the late 19th century to the present.

Conférences

« Julian Huxley and humankind as the sole trustee of the future of life »

Dans le cadre du séminaire « Histoire des sciences humaines et sociales », animé par Jacqueline Carroy, Wolf Feuerhahn, Rafael Mandressi, Andreas Mayer et Nathalie Richard

The talk focuses on aspects of the work and politics of Julian Huxley, particularly on his notion that with the arrival of modern humans in the course of evolution, a process that had hitherto been based on contingency could now be brought under rational control. Throughout his career, Huxley saw this grand aim endangered by two World Wars, fascism, racism, laissez-faire capitalism, and finally the destruction of natural resources not only necessary for physical survival but for the aesthetic and moral development of humans. His striving for that goal culminated during his position as first Director-General of UNESCO. Huxley and others promoted the integration of the ‘S’ for Science, and they pushed for an understanding of heritage that encompassed the natural as well as cultural aspects of world ecology.

  • Vendredi 25 mai 2018, 14h-16h – Centre Alexandre-Koyré, salle de séminaire (5e étage), 27 rue Damesme, 75013 Paris

 

« Animal sounds against the noise of modernity and war: Julian Huxley and the preservation of the sonic world heritage »

Dans le cadre du séminaire « Matières premières du savoir. Histoire, usages et significations des collections scientifiques », animé par Andrée Bergeron et Charlotte Bigg

Focusing on the science and politics of Julian Huxley, I engage with the role of animal sounds in various media. Beginning with the phonograph recordings for soundbooks during his directorship of the London zoos (1935-42), I follow Huxley’s engagement for animal preservation as first Director-General of UNESCO to its culmination in the foundation of the WWF. At the center of my interest stands the question of animal voice: Who speaks for whom and to what purpose? How does sound work on disc, in animal and animated film, and in conservation comic?

  • Mardi 5 juin 2018, 14h-17h – Centre Alexandre-Koyré, salle de séminaire (5e étage), 27 rue Damesme, 75013 Paris

 

« L’identité humaine est-elle génétique ? »
Débat autour de l’ouvrage de Marianne Sommer History Within: The Science, Culture, and Politics of Bones, Organisms, and Molecules (Chicago University Press, 2016)

Dans le cadre de la neuvième saison des Débats du Centre Alexandre-Koyré.

Focusing on the work of Henry Fairfield Osborn, Julian Sorell Huxley, and Luigi Luca Cavalli-Sforza in paleoanthropology, evolutionary biology, and human population genetics, History Within asks how the sciences of human origins, whether through the museum, the zoo, or the genetics lab, have shaped our idea of what it means to be human. How have these biologically based histories influenced our ideas about and our institutions of nature, society, and culture? Today, personal genomics services such as 23andMe and Ancestry.com offer what once was science fiction: the ability to sequence and analyze an individual’s entire genetic code—promising, in some cases, facts about that individual’s ancestry that may have remained otherwise lost. Is it true, though, that who we are and where we come from is written into the sequence of our genomes?

  • Mercredi 6 juin 2018, 10h-12h – Centre Alexandre-Koyré, salle de séminaire (5e étage), 27 rue Damesme, 75013 Paris

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Les règles du prix Jacques Lebbe changent! La composition du jury évaluant les mémoire sera dorénavant composé du président actuellement en exercice de la SFS ainsi que de deux autres membres de la SFS proposés par le conseil.

Prix Jacques Lebbe

La date limite de candidature a été fixée au 15 Août 2016.

Les candidatures sont à envoyer à

regine.vignes_lebbe@upmc.fr

et

Patrick.Martin@sciencesnaturelles.be

La SFS a créé en 2001 un prix dédié à la mémoire de Jacques Lebbe
Ce prix est destiné à soutenir des étudiants en systématique, en récompensant des travaux développant une systématique moderne et innovante, théorique ou appliquée. La qualité de la discussion portée sur les méthodes, développées et/ou utilisées par le candidat dans son travail, est dans tous les cas un élément essentiel de l’évaluation du jury.
Chaque année le prix est attribué pour un mémoire de master 2 soutenu dans une institution française lors de l’année en cours.
Le prix est remis lors des journées annuelles de la société. Tous les candidats sont invités, s’ils le souhaitent, à y faire connaître leur travail par un poster ; et le lauréat est convié à le présenter brièvement oralement.

Candidature / Attribution du prix
Les étudiants, membres ou non de la SFS, font soit acte volontaire de candidature, soit peuvent être proposés par un tiers.
Un jury, composé de six personnes, examine les mémoires proposés par les candidats.
La composition du jury comporte trois membres: le président de la SFS en exercice, plus deux membres de la SFS proposés chaque année par le conseil.
Les candidatures sont à adresser au secrétariat de la SFS sous la forme du formulaire (télécharger le PDF) dûment rempli, accompagné d’un exemplaire du mémoire tel qu’il a été soumis à la fin du stage et d’un CV.

Dotation
Le lauréat reçoit une somme de 300 euros et une adhésion de trois ans à la SFS.